تخترق السكك الحديدية بين مومباسا ونيروبي حديقة تسافو، أكبر حديقة للحيوانات البرية في كينيا، وحديقة نيروبي الوطنية التي تعد حديقة وطنية تقع داخل مدينة العاصمة. نفذ فريق الشركة الصينية للاتصالات والإعمار بكل حزم سياسة حماية الحيوانات البرية وأقام 14 ممرا لها على طول الطريق، يبلغ ارتفاع بعضها مايزيد عن 6.5 متر لتسهيل عبور الحيوانات الضخمة مثل الزرافات.

يعد موقع المشروع منطقة تفريخ مهمة للسلاحف البحرية، ومن أجل حماية التنوع البيولوجي للحيوانات البحرية بأقصى حد وحماية البيئة المعيشية للسلاحف البحرية، أنشأت إدارة المشروع مركزا لحضانة السلاحف وكونت فريقا محترفا لحمايتها. كما قامت ادارة المشروع بتفريخ وإطلاق أكثر من 17000 سلحفاة بحرية صغيرة حتى نهاية المشروع، مما حمى تكاثر السلاحف البحرية المحلية بشكل فعال.

يتكون المشروع بشكل رئيسي من ميناء حاويات بسعة 70,000 طن وميناء المعادن الخام بسعة 100,000 طن. في مارس من كل عام، تتجمع مئات طيور النحام هن، فتشكل مناظر طبيعية محلية خلابة. وتقوم إدارة المشروع والرابطة المحلية لحماية البيئة بانتظام بأنشطة دعائية وتثقيفية لحماية البيئة المعيشية لطيور النحام.

بالقرب من موقع مصنع معالجة خطوط الأنابيب البحرية للمشروع يوجد موقع مخطط لأشجار المانغروف. ومن أجل تجنب إتلاف أشجار المانغروف، ناقشت إدارة المشروع مع سلطة الميناء المحلية ومكتب حماية البيئة خطة لتخصيص منطقة زراعية بين موقع مصنع المعالجة وأرض أشجار المانغروف المخططة، حيث زرعت 45000 شجرة مانغروف للتقليل من تأثير بناء المشروع على البيئة والحفاظ على التوازن البيئي المحلي.

أنشأ المشروع مكتبا إنقاذ الحيوانات ونجح في إنقاذ عدد من طيور البطريق البيروفية النفيسة والنادرة التي تواجه أوضاعا خطرة. في الوقت نفسه، غالبا ما تنظم إدارة المشروع موظفين للحفاظ على الأراضي الرطبة شانكاي المجاورة لموقع البناء، مما نجح في حماية موطن الطيور البحرية.

النظام الإيكولوجي البحري الطبيعي في منطقة مشروع ناورو يحتوي على عدد كبير من الأنواع مثل خيار البحر، ثعبان البحر، الأخينوس، صدف البحر، سرطان البحر والشعاب المرجانية. ومن أجل حماية الحيوات البحرية، تعاونت إدارة المشروع مع الإدارات ذات الصلة بمصائد الأسماك والموارد البحرية والأعمال التجارية والبيئة في ناورو ووحدة المالكين أي سلطة الميناء الناورية لنقل وحماية الحيوات البحرية في منطقة المشروع، وأخيرا نقلت الحيوات البحرية في المنطقة المتأثرة بالبناء إلى منزل جديد على بعد 50 مترا من منطقة البناء لبدء حياة جديدة.

يعد مصب نهر اللؤلؤ أكبر موطن للدلافين البيضاء الصينية، والتي يطلق عليها "باندا البحر ". ومن أجل حماية الدلفين الأبيض، تم إجراء تعديلات في تصميم خطط الجسر وبنائه وإدارته. بعد الانتهاء من بناء الجسم الرئيسي لجسر هونغ كونغ – تشوهاي – ماكاو، لم ينخفض عدد الدلافين البيضاء بل زاد، وتم تحقيق هدفي "عدم التلوث" للبيئة البحرية و "صفر إصابات" للدلافين البيضاء خلال عملية البناء.

يلتزم المشروع بمبدأ "عدم إتلاف حور واحد"  ويتخذ تدابير مثل إعادة توجيه الالتفاف والنقل الكلي للنبات لحماية بيئة الحور في حوض نهر تاريم على طول الطريق. وفي الوقت نفسه، تم زراعة تربيعة العشب  في مساحة تزيد عن 6.8 مليون متر مربع على طول الطريق السريع الذي يبلغ طوله 96.8 كيلومترا، مما بنى حاجزا رمليا على طول الطريق السريع وأعاق توسع الصحراء بشكل فعال.